醫院是集醫療、教學、科研、預防、康復、急救為一體的大型綜合性教學醫院，為國家衛生應急醫療移動救治中心和安徽省緊急醫療救治基地。醫院前身為上海東南醫學院附屬東南醫院，創辦于1926年。1993年成為衛生部首批三級甲等醫院。醫院堅持科教興院戰略，銀屑病的遺傳學研究和紅斑狼瘡基因研究處于國際領先水平。醫院擁有安徽省首臺達芬奇手術機器人，目前機器人手術已經在泌尿外科、普外科、婦產科、心臟大血管外科廣泛應用，處于國內領先水平。新增合肥市首臺骨科機器人，機器人家族不斷壯大。3D腹腔鏡手術技術、輔助生殖技術、體外循環和心臟不停跳冠脈搭橋、心腦血管介入治療、胸腔鏡和腹腔鏡微創手術、自體、異體造血干細胞移植、小兒先心病介入治療、小兒腦癱的康復治療、電子耳蝸技術、中西醫結合治療腫瘤等專業技術水平達到國內先進水平。在肝腎聯合移植、嬰幼兒腎臟捐獻移植等復雜器官移植領域，取得了積極成效，達到國內領先水平；在中西醫結合治療大面積燒傷、微粒皮移植、角膜移植術、顱底腫瘤臨床手術和立體定向放射外科等方面積累了豐富的經驗,處省內領先地位。