廣醫二院于1982年12月正式掛牌，2004年8月成立廣州醫學院第二臨床學院。2013年6月醫院正式更名為廣州醫科大學附屬第二醫院，廣州醫學院第二臨床學院更名為廣州醫科大學第二臨床學院。現已發展為集醫療、教學與科研于一體的大型三級甲等綜合性醫院和高等醫學院校附屬醫院，成為廣州市重要的醫療診治、醫學教育、醫學研究機構，廣東省、廣州市干部保健基地。醫院由院本部、番禺院區和西院區組成。醫院本部位于廣州市海珠區核心地區，雙地鐵昌崗站上蓋。醫院三個院區總占地面積11.1萬平方米，建筑面積22.95萬平方米，編制床位2500張，設有46個臨床科室，12個醫技科室，附設廣州醫科大學神經科學研究所、廣州心血管疾病研究所，以及1個社區衛生服務中心。醫院學科齊全、技術力量雄厚、專科特色突出，在神經系統疾病、心血管疾病、風濕性疾病、過敏性疾病、慢性疼痛防治及腎移植、外科微創手術等領域達到國內先進水平。