生態環境中心始建于1975年，時為國務院批準成立的中國科學院環境化學研究所，1986年與中國科學院生態學研究中心（籌）合并，建立中國科學院生態環境研究中心，是我國第一個全國性生態環境領域綜合性研究機構。生態環境中心主要學科方向為：持久性有毒污染物的環境過程與控制、環境污染的健康風險、污染水體修復與飲用水安全保障技術、人與自然耦合機制、城市與區域可持續發展理論與對策、環境生物技術的理論與應用。力爭在環境污染的健康效應與危害機制、飲用水復合污染機理、過程與控制、生態系統服務形成機理和生態效益評估等三個領域取得重大突破；重點培養新型污染物的識別及毒性效應、京津冀環境多介質復合污染協同削減與調控、城市化的生態環境效應與生態管理、大氣污染成因與關鍵污染物控制技術、環境納米材料與污染控制、污染物定向生物轉化、固體廢棄物資源化利用技術等方向。