遺傳發育所最早成立于1959年。2001-2003年，由原中國科學院遺傳研究所、發育生物學研究所及石家莊農業現代化研究所整合而成。遺傳發育所面向我國農業和人口健康的重大戰略需求和生命科學前沿，重點開展基因組結構與調控規律、細胞發育分化分子機理、重要農藝性狀分子解析、農業生態可持續發展、前沿學科交叉領域的研究，揭示水稻、小麥等基因組表達調控規律、闡明細胞分化的分子機制和建立新的品種設計理論與技術體系，為解決遺傳與發育生物學領域重大科學和技術問題做貢獻。研究所下設基因組生物學、分子農業生物學、發育生物學、分子系統生物學和農業資源5個研究中心。擁有植物基因組學、植物細胞與染色體工程、分子發育生物學3個國家重點實驗室、中國科學院農業水資源和河北省節水農業2個院省級重點實驗室、河北欒城農田生態系統國家野外觀測試驗站，是國家植物基因研究中心（北京）的依托單位，設有欒城農業生態系統試驗站、南皮生態農業試驗站、太行山山地生態試驗站、海南陵水南繁育種基地。