中國科學院水生生物研究所是從事內陸水體生命過程、生態環境保護與生物資源利用研究的綜合性學術研究機構，其前身是1930年1月在南京成立的國立中央研究院自然歷史博物館。水生所戰略定位和發展目標是，面向國家在水環境保護、漁業可持續發展和微藻生物能源利用方面的重大戰略需求，圍繞內陸水體生命過程、生態環境保護與生物資源利用領域的基礎性、戰略性和前瞻性重大科技問題，著力重大理論創新和核心技術突破，強化創新價值鏈的延伸，在水環境保護、淡水漁業和微藻生物能源領域發揮引領示范作用。目前水生所設有水生生物多樣性與資源保護研究中心、淡水生態學研究中心、魚類生物學及漁業生物技術研究中心、水環境工程研究中心、水生生物分子與細胞生物學研究中心和藻類生物學及應用研究中心等6個研究中心、共計65個學科組。