高淳吳氏宗祠為江蘇省文物保護單位。
在高淳老街東端，有一組高大軒敞的清代建筑，這便是有名的吳氏宗祠。這組建筑始建于清乾隆年間。它依地形而建，門朝官溪河，背靠老街。布局分為前進正門(戲樓)，中進享堂，后進祭殿，間設天井，側有廂房。建筑面積計820多平方米。
首進部分為三開間，有上下二層。底層南向開設正門，門外兩側砌“八”字形罩墻。青磚疊砌，麻石做基，左右各安置一塊圓形抱鼓石。盡顯肅穆莊重的祠堂本色。進入正門，轉一個方向看此建筑，才發現它是一座戲樓，是吳氏族人歡聚娛樂之所。將大門與戲樓合二為一，可見當年設計者匠心獨運。
戲臺設在二樓，用屏風木板隔成前、后臺，俗稱“天壁”，以便前臺演戲，后臺化妝。扇形門額上左書“出將”，右書“入相”，為演員進出場“月門”。前臺邊間，隔成“樂臺”和包廂。臺頂，正中構筑疊三層八角形藻井，四周置“平棋”天花。戲樓上的藻井不僅有裝飾作用，而且在演唱時能夠產生共鳴，起到吸攏回傳的效果。
中進享堂，面積250平方米。建筑造型為：前、后軒廊，敞廳式。正間屋架“抬梁式”，上設草架，高達12米多。
后進祭殿，地勢高于中、后二進，建筑結構為：內四架大梁、前軒后廊，偏作廳露明造。建筑面積225平方米。
中、后兩進大殿，系典型的徽州風格。建筑造型均為小瓦屋面，馬頭墻、鏤空屋脊。木構架用材較大，且材質極佳，以楠木作柱，柏木作梁，其味驅使蜘蛛遠避。故梁架上絲毫見不到蛛絲塵網，歷久如新。
吳氏宗祠在建筑中大量使用木雕工藝，僅戲樓之上大小木雕就有80余幅，是老街木雕中的精華。比如，戲臺天壁上高浮雕“雙鳳戲牡丹”，藻井間浮雕“雙龍戲珠”，穿枋下四角雕刻垂蓮花籃，籃內刻滿桃花、荷花、菊花、水仙等，象征四季繁榮。臺前立柱與橫枋之間的“斜撐”上刻畫兩只大雄獅，獅背站立文武百官等人物造型。在臺口柱間的額枋上，則浮雕 “滿床笏”、“佘太君掛帥”、“借東風”等戲劇故事。在臺口額枋與檐檁之間，分別出挑14只“鳳頭昂”斗拱，將戲樓裝點得更加華麗。另外在享堂廊下的束腰板上，還刻有精美的“二十四孝圖”，突出了祠堂尊祖孝親的本意。
1938年，陳毅同志率領新四軍一支隊東征抗日。在高淳期間將一支隊司令部設在此處。因此吳氏宗祠既是古建精品，又是革命文物。1982年，吳氏宗祠被江蘇省人民政府公布為省級文物保護單位。